בעיה נוספת היא בעיות הקשורות לזכויות יוצרים. מכירה של מוצרים דרך האינטרנט, בין אם מדובר במוצרים פיזיים ובין אם מדובר בתוכן דיגיטלי, דורשת שמירה על זכויות היוצרים. חנויות אינטרנטיות עשויות להתמודד עם תביעות על הפרת זכויות יוצרים אם הם משווקים מוצרים או תוכן ללא רשות מבעלי הזכויות. על בעלי החנויות להקפיד על רכישת רישיונות מתאימים ולהימנע מהפרת זכויות יוצרים של צדדים שלישיים.